第一次是在1879年，国学泰斗俞樾的呼吁废除中医。

倭国明治维新之后，很多华夏人羡慕倭国的成功，掀起了学习倭国的热潮，于是很多有条件的青年人纷纷赴倭国留学。

倭国的明治维新，根本宗旨是“脱亚入欧”，其中有一点，就是全面禁止中医而改行西医。经过明治维新对中医的打击，倭国的中医（被称之为汉医）已经被彻底边缘化了。

当时，很多华夏人自己丧失了民族自信，加之积极学习倭国，而倭国也废除了中医，所以国内也就必然地发出了废除中医的呼声。

第一个站出来呼吁废除中医的，是国学泰斗级人物俞樾。

1879年，俞樾在其撰写的《废医论》中首次明确建议废除中医，认为中医的所有理论均建立在阴阳五行之上，辅之以一些肺腑经络的学说，这是一件非常荒谬且愚昧的事情。

俞樾是清末大学者、文学家、经学家、古文字学家、书法家，是红学家俞平伯的曾祖父，章太炎、吴昌硕和倭国汉学家井上陈政皆出其门下，堪称华夏文坛学界的泰山北斗。

当时他的这一倡议一经发出，顿时得到了一大批学者的齐声响应。

比如着名学者、《天演论》的译者严宗光就认为，中医“其例之立根于臆造，而非实测之所会通”，也就是说当时的学者对于中医的质疑基本上来源于对华夏古代“玄学”“巫术”，属于“迷信”，根本不科学。

梁任甫先生也曾激烈地抨击中医，甚至声称中医乃“学术界之耻辱，莫此为甚矣！”

此后，一大帮接受西方文化的官员、学者、科学家，也纷纷对中医进行抨击，或表达否定态度。

第二次是1912年，北洋政府颁布《壬子癸丑学制》，将中医排除于正规教育系统之外。

民国时期官场、学界对中医的否定态度，对制定医学政策和教育政策的政府机构自然会产生重大影响。1912年北洋政府颁布的《壬子癸丑学制》，断然将中医排除于正规教育系统之外。

中医自己开办了一批中医学校，但却无法得到教育部的承认。