6月9日，东瀛方面派先遣队400多人，在驻朝公使大鸟圭介的率领下，以《济物浦条约》规定之东瀛有权保护使馆和侨民为借口进入朝鲜首都汉城，同时根据《中日天津条约》知照中方，其后又在6月12日派兵800人进驻汉城。

6月16日，东瀛陆军混成旅团先头部队在仁川登陆，到6月28日混成旅团后续部队登陆，驻朝日军数量达到8000余人，超过清庭驻军数量。

6月20日清庭向列强提出申请，请求英、法、德、俄诸国介入调停。

7月10日调停失败。

7月17日，东瀛政府作出开战决定；7月20日，东瀛编成了以伊东佑亨为司令的联合舰队，随时准备寻衅；

同日，东瀛驻朝公使大鸟圭介向朝鲜政府发出最后通牒，要其”废华约、逐华兵”，要求48小时内答复，朝鲜继续敷衍、拖延时间，于是东瀛决定出兵控制朝鲜政府，以找到与驻朝清军开战的“委托”。

8月1日，双方正式宣战。

9月17日，清庭、东瀛两方舰队在黄海海域爆发大战，虽然经汉国影响，为防备汉国方面可能的海上威胁，清庭于1890至1893年间，相继购买三艘铁甲舰，但是在军舰性能、训练以及整体战斗力方面，北洋水师却被东瀛联合舰队反超。

黄海海战历时5个多小时，海战的结果：北洋舰队损失“致远”、“经远”、“超勇”、“扬威”、“广甲等7艘军舰，死伤官兵一千余人；东瀛舰队方面，“松岛”、“吉野”、“比睿”三舰沉没，“赤城”、“西京丸”等4舰遭受重创，死伤士兵900余人。与历史同期相比，北洋水师和联合舰队实力均有所提升，战斗中付出的军舰、士兵伤亡数量，也高出历史同期。

但是从战略角度，东瀛联合舰队夺取了黄海海域的制海权，获得了战争的主动权，自此之后，胜利的天平逐步向东瀛倾斜。

黄海海战结束的第二天，9月18，汉国中央政府命令经过加强的南洋舰队，赶往朝鲜海域，以观望局势。

10月12日，汉国政府向东瀛提出外交照会，警告东瀛方面维护军纪，不得伤害无辜百姓，为增强说服力，南洋舰队不顾东瀛联合舰队阻挠，强行在仁川港、开城登陆，并派遣3000名海军陆战队进入朝鲜首都汉城，以保护皇三子李景英未婚妻，惠容翁主李敏恩的名义，驻扎在城内。

11月20日，东瀛军队攻陷旅顺，即便因为汉国舰队威慑，东瀛政府刻意强调，前线东瀛陆军部队一部，仍然未能约束军级，导致近千名当地百姓遇难。

11月23日，为惩治东瀛军队残害百姓的暴行，南洋舰队对联合舰队一部发动进攻，战至傍晚时分，负责掩护后续运输船队上岸的联合舰队第二分舰队不敌逃窜，海战结束，第二分舰队主力战舰损失过半，随行的6艘运兵船被击沉，损失兵力超过3000。

11月27日，南洋舰队航行至东京湾，对港口区域进行2个小时炮击，东瀛国内震动。

11月29日，英国介入朝鲜战事，受到英国干预，认识到汉国真正的陆海军实力，以及联合舰队实力受损严重的不利情况下，为及早确立对清庭战争的胜利，

东瀛政府不得不妥协退让，承诺将战争局限在军事作战人员范围内，答应给予受难者补偿，尊重汉国在朝鲜利益。

12月10日，南洋舰队停止对朝鲜海域的封锁，并按照约定，后退至济州岛海域。

1895年1月，由于汉国的介入，英国、法国、德国等国担心远东局势失控，同样对战争进行干涉。

1895年2月，清庭、东瀛签订停战协议，战争结束。东瀛获得了战争的胜利，却未能获得历史同期的成果。