虽然要做的是齐天大圣，但倘若只是重走西游，如同堆料般复刻八十一难，未免有些太过无聊了。

既然已经定下了“黑”神话的名头，那么想要表现黑暗主题的话，则是需要另一种解读方法。

在开始讨论剧情之前，文案组把西游记翻了一遍又一遍，再结合各自对西游记、孙悟空的再解读，最终决定，向玩家们讲述一个黑暗的、《西游记》完结之后的故事。

玩家当然不可能操控大圣来经历整个故事，毕竟这个角色做强了没有难度，做弱了玩家不满意。

作为最不好做的大圣，文案组干脆做了一个大胆的决定：大圣身陨。

在大圣死后，玩家要扮演的，是一个个继承了大圣信念的花果山小猴，他们相信大圣的反抗精神永不熄灭，他们也相信大圣的元识不会消散，就算大圣身陨后只剩下了一块石头，只要找回他的力量，大圣就还会重生的。

自此，游戏的主线便已经定下：收集法器，复活大圣。

接下来便是设计剧情的发展节奏。在一边讨论，一边不断的翻阅《西游记》后，他们从书中的第十四回《心猿归正，六贼无踪》中提取线索，六位山贼名叫：眼看喜、耳听怒、鼻嗅爱、舌尝思、身本忧、意见欲，前面六个对应了佛家的六根：眼耳鼻舌身意，后面六个不妨再进行进一步的补充，变为七情：喜、怒、哀、惧、爱、恶、欲。

故事发生在大圣与二郎神又一次大战之后，玩家扮演从花果山出来的一只小猴子，为找寻大圣散落的七情六欲、复活大圣，从而踏上冒险的旅途。

既然故事设定在《西游记》后，那么玩家需要对抗的妖怪也要取自原着中未被打死的妖怪，如：灵虚子、黑熊精、黄风怪、黄袍怪（奎木狼）、金角银角等等，并根据这些构思了十三个地图场景： 黑风山、浮屠塔、黄凤岭、五庄观、白虎岭、宝象国、平顶山、金兜山、女儿国、火焰山、小雷音寺、盘丝岭、狮驼岭，并把七情六欲嵌入其中。

在做好整体设定之后，那么再次回到故事的开头：大圣身陨。

大圣为何身陨？众妖又为何要藏起大圣陨落后的七情六欲？

轮回再生，在《西游记》中便被频繁提到，而在游戏《黑神话悟空》中，便可以作为整个游戏的主旨来用。毕竟从影刃开始，方晨就开始对于玩家的“存档读档”行为，在游戏中进行了一定合理的设置，而不是始终让这个行为游离于故事外，让玩家自己去主观的忽略这个情况。

万物堕入因果、万物轮回再生，身形可灭，但精神不绝。

这既是玩家们不断复活的理由，也是贯穿整个游戏的理念：复活大圣。大圣为了反抗天庭，亲自经历了一次身死魂飞魄散、七情六欲分离，这也给玩家们带来了重走西行路的理由。