六月，博洛的部队围攻金华。到了七月，金华被攻克，明蜀王朱盛浓等人被斩杀。接着，清军攻克了衢州，至此，整个浙江省被完全平定。

南明唐王朱聿键占据福建，面对这一情况，清军采取了常山和江山两路并进的战略。图赖等人在仙霞关击败了南明大学士黄鸣俊的军队，随后攻破了浦城。前锋统领努山等人擒获并斩杀了总督杨廷清和李暄。此外，清军还分遣署护军统领杜尔德、前锋统领拜音岱等人攻克了建宁和延平府。朱聿键事先从延平府逃往汀州，博洛随即派遣护军统领阿济格、尼堪、杜尔德等人攻克汀州，成功擒获并斩杀了朱聿键以及曲阳王朱盛渡、西河王朱盛洤、松滋王朱演汉、西城王朱通简等明朝宗室和官员。南明将领姜正希率领二万军队前来增援，但夜间袭击汀州时被清军击败，损失惨重。清军又派遣镇国将军汉岱等人在分水关击败了明将师福，攻克了崇安县，并斩杀了总督杨文忠等人。随后，清军派遣副都统卓布泰等人袭击并攻克了福州，取得了二十多次胜利。最终，南明国公郑芝龙等二百九十余人以及十一万多士兵投降，福建得以平定。

同年十一月，博洛驻扎在福州，命令总兵佟养甲继续进军广东。当时，朱聿键的弟弟朱聿鐭据守在广州府，并建立了绍武政权。佟养甲攻克了潮州和惠州后，逼近广州，成功攻占了该城，斩杀了朱聿鐭以及多位明朝宗室成员，广东也被平定。

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顺治四年（1647年），博洛任命佟养甲为两广总督，并亲自率领贝子博和托、都统图赖等大军返回北京，晋封为多罗端重郡王，以表彰其在南征中的卓越贡献。

三、平乱山西

顺治五年（1648年），爱新觉罗·博洛被赐予金币及人口等奖励。这一年，博洛与亲王阿济格一同防范喀尔喀部，巡查至大同一带时，遭遇了叛将姜镶的挑战。姜镶曾是明朝的总兵，在明朝灭亡后投靠清朝，但不久后反叛。

顺治六年（1649年）正月，博洛与承泽郡王硕塞一同援助被叛军占领的代州，并成功将其攻克。三月，姜镶秘密联系了马、得胜两路叛军共五千余人，企图从大同北山向清军发起攻击。博洛亲自率领骑兵千余人出击，与护军统领鳌拜、彻尔布等人分头抵御叛军。在战斗中，清军斩杀了一半以上的叛军，迫使剩余的叛军逃窜，姜镶则关闭城门不敢再出。

同年四月，叛军攻陷了山西的汾州。为此，博洛被任命为定西大将军，率领军队前往讨伐。五月，博洛的部队攻克了清源、交城、文水、徐沟、祁县等地。六月，叛军侵犯平阳，博洛派遣副都统谭布等人击败了叛军。七月，叛军一万余人侵犯绦州，博洛派遣署副都统洛硕等人击退叛军，斩杀两千多人，并进攻孝义。在孝义之战中，博洛委派署副将梁化凤在地下埋设火药，以此战术成功攻克了孝义城。与此同时，叛军三千余人侵犯寿阳，博洛派遣副都统卦喇特晋等人支援剿灭叛军，斩杀一千多人。此外，博洛还在平遥、辽州、榆社等地多次击败叛军。

当时，朝廷曾下令让博洛考虑撤回部分闲置的驻军返回北京。然而，博洛上疏表示，虽然太原、平阳、汾州三府所属的州县逐渐被收复，但仍有许多地方尚未恢复，如果撤军，可能会给叛军留下可乘之机。皇帝同意了他的观点，并命令满达海从朔州调兵到汾州，以便共同镇压叛乱。